Struktur Organisasi Pondok Pesantren Darul Arifin Jambi adalah sebagai berikut :
| Mudir | : | Dr. KH. Zainul Arifin, M.Ed, MA |
| Kepala Pengasuhan | : | Arma Mareta, Lc, M.Ed, Ph.D |
| Wakil Kepala Pengasuhan | : | Kenny Syah Putra, S.Ag., S.Pd / Tri Lestari, S.Pd |
| Wakil Mudir Bidang SDM | : | M. Ikhbal Jaya Putra, S.Pd / Lisa Novita Sari, M.Pd |
| Wakil Mudir Bidang Litbang, Jaminan Mutu & Kerjasama | : | Muhtarom, SH / Lisa Novita Sari, M.Pd |
| Kepala Akademik | : | Muhammad Zaki Allam / Hurpatil Jannah, S.Pd |
| Sekretaris | : | Mulyadi, MSI |
| Bendahara Umum | : | Miftakul Rohman, S.Pd |
| Kepala MTs | : | Wisnu Ryan, S.Pd, M.Ag |
| Kepala MA | : | Muhammad Syahrun Nizham, S.H, S.Pd |
| Kepala TU | : | Ahmad Nurhamim, M.Pd |
| Operator Madrasah | : | Yudi April Yanto, M.Pd |